Glavni ravnatelj na čelu je Ravnateljstva, saziva sjednice Ravnateljstva i predsjedava im, odgovara za znanstveno-strukovni rad Zavoda, predlaže imenovanje i razrješenje glavnih urednika i voditelja znanstvenih projekata i sl. Glavni ravnatelj Leksikografskoga zavoda Miroslav Krleža je dr. sc. Antun Vujić.

Ravnatelj ima poslovodnu funkciju u Zavodu. Dužnosti ravnatelja određene su zakonom i Statutom Zavoda, a neke od njih su: predstavljanje i zastupanje Zavoda, organiziranje i vođenje rada i poslovanja Zavoda, provođenje odluka Ravnateljstva. Ravnatelj Leksikografskoga zavoda Miroslav Krleža je dr. sc. Bruno Kragić.

Zavodom upravlja Ravnateljstvo, na čelu kojega je glavni ravnatelj. Ravnateljstvo se sastoji od pet članova. Neke su od njegovih dužnosti: donošenje godišnjih i dugoročnih planova rada Zavoda, razmatranje i donošenje godišnjih izvješća o radu Zavoda, donošenje godišnjega financijskog proračuna, donošenje Statuta i drugih općih akata Zavoda, imenovanje ravnatelja. Članovi ravnateljstva:
mr. sc. Nikša Lučić - viši leksikograf, glavni urednik Hrvatskoga biografskoga leksikona
mr. sc. Mladen Klemenčić - leksikografski savjetnik dr. sc.
Stjepan Matković - znanstveni savjetnik, Hrvatski institut za povijest
dr. sc. Neven Budak - redoviti profesor, Filozofski fakultet Sveučilišta u Zagrebu

Znanstveno vijeće najviše je znanstveno-strukovno tijelo Zavoda, mjerodavno za stručno bavljenje leksikografsko-enciklopedičkim poslovima. Predsjednik znanstvenog vijeća je dr. sc. Zdenko Jecić.