Glavni ravnatelj na čelu je Ravnateljstva, saziva sjednice Ravnateljstva i predsjedava im, odgovara za znanstveno-strukovni rad Zavoda, predlaže imenovanje i razrješenje glavnih urednika i voditelja znanstvenih projekata i sl. Glavni ravnatelj Leksikografskoga zavoda Miroslav Krleža je dr. sc. Antun Vujić.