Zavodom upravlja Ravnateljstvo, na čelu kojega je glavni ravnatelj. Ravnateljstvo se sastoji od pet članova. Neke su od njegovih dužnosti: donošenje godišnjih i dugoročnih planova rada Zavoda, razmatranje i donošenje godišnjih izvješća o radu Zavoda, donošenje godišnjega financijskog proračuna, donošenje Statuta i drugih općih akata Zavoda, imenovanje ravnatelja.
Članovi Ravnateljstva:
dr. sc. Filip Hameršak
Ankica Šunjić
dr. sc. Stjepan Matković - znanstveni savjetnik, Hrvatski institut za povijest
dr. sc. Neven Budak - redoviti profesor, Filozofski fakultet Sveučilišta u Zagrebu