Glavni ravnatelj na čelu je Ravnateljstva, saziva sjednice Ravnateljstva i predsjedava im, odgovara za znanstveno-strukovni rad Zavoda, predlaže imenovanje i razrješenje glavnih urednika i voditelja znanstvenih projekata i sl. Glavni ravnatelj Leksikografskoga zavoda Miroslav Krleža je dr. sc. Bruno Kragić.

Ravnatelj ima poslovodnu funkciju u Zavodu. Dužnosti ravnatelja određene su zakonom i Statutom Zavoda, a neke od njih su: predstavljanje i zastupanje Zavoda, organiziranje i vođenje rada i poslovanja Zavoda, provođenje odluka Ravnateljstva. Vršitelj dužnosti ravnatelja je dr. sc. Filip Hameršak.

Zavodom upravlja Ravnateljstvo, na čelu kojega je glavni ravnatelj. Ravnateljstvo se sastoji od pet članova. Neke su od njegovih dužnosti: donošenje godišnjih i dugoročnih planova rada Zavoda, razmatranje i donošenje godišnjih izvješća o radu Zavoda, donošenje godišnjega financijskog proračuna, donošenje Statuta i drugih općih akata Zavoda, imenovanje ravnatelja.
Članovi Ravnateljstva:
prof. dr. sc. Stjepan Ćosić, redoviti profesor, Fakultet hrvatskih studija, Zagreb
prof. dr. sc. Hrvoje Stančić, redoviti profesor, Filozofski fakultet u Zagrebu
dr. sc. Zdenko Jecić
Ankica Šunjić Matković

Znanstveno vijeće najviše je znanstveno-strukovno tijelo Zavoda, mjerodavno za stručno bavljenje leksikografsko-enciklopedičkim poslovima. Predsjednica znanstvenog vijeća je dr. sc. Vlatka Dugački.