Zavodom upravlja Ravnateljstvo, na čelu kojega je glavni ravnatelj. Ravnateljstvo se sastoji od pet članova. Neke su od njegovih dužnosti: donošenje godišnjih i dugoročnih planova rada Zavoda, razmatranje i donošenje godišnjih izvješća o radu Zavoda, donošenje godišnjega financijskog proračuna, donošenje Statuta i drugih općih akata Zavoda, imenovanje ravnatelja.
Članovi Ravnateljstva:
prof. dr. sc. Stjepan Ćosić, redoviti profesor u trajnom zvanju, Fakultet hrvatskih studija, Zagreb
dr. sc. Filip Hameršak
prof. dr. sc. Hrvoje Stančić, redoviti profesor, Filozofski fakultet u Zagrebu
Ankica Šunjić