Zavodom upravlja Ravnateljstvo, na čelu kojega je glavni ravnatelj. Ravnateljstvo se sastoji od pet članova. Neke su od njegovih dužnosti: donošenje godišnjih i dugoročnih planova rada Zavoda, razmatranje i donošenje godišnjih izvješća o radu Zavoda, donošenje godišnjega financijskog proračuna, donošenje Statuta i drugih općih akata Zavoda, imenovanje ravnatelja.
Članovi Ravnateljstva:
akademik Stjepan Ćosić, redoviti profesor, Fakultet hrvatskih studija, Zagreb
dr. sc. Ljiljana Dobrovšak, Institut društvenih znanosti Ivo Pilar
dr. sc. Zdenko Jecić
dr. sc. Iva Mandušić