Glavni ravnatelj na čelu je Ravnateljstva, saziva sjednice Ravnateljstva i predsjedava im, odgovara za znanstveno-strukovni rad Zavoda, predlaže imenovanje i razrješenje glavnih urednika i voditelja znanstvenih projekata i sl. Glavni ravnatelj Leksikografskoga zavoda Miroslav Krleža je dr. sc. Bruno Kragić.

Ravnatelj ima poslovodnu funkciju u Zavodu. Dužnosti ravnatelja određene su zakonom i Statutom Zavoda, a neke od njih su: predstavljanje i zastupanje Zavoda, organiziranje i vođenje rada i poslovanja Zavoda, provođenje odluka Ravnateljstva. Ravnatelj Leksikografskoga zavoda Miroslav Krleža je dr. sc. Filip Hameršak.

Zavodom upravlja Ravnateljstvo, na čelu kojega je glavni ravnatelj. Ravnateljstvo se sastoji od pet članova. Neke su od njegovih dužnosti: donošenje godišnjih i dugoročnih planova rada Zavoda, razmatranje i donošenje godišnjih izvješća o radu Zavoda, donošenje godišnjega financijskog proračuna, donošenje Statuta i drugih općih akata Zavoda, imenovanje ravnatelja.
Članovi Ravnateljstva:
akademik Stjepan Ćosić, redoviti profesor, Fakultet hrvatskih studija, Zagreb
dr. sc. Ljiljana Dobrovšak, Institut društvenih znanosti Ivo Pilar
dr. sc. Zdenko Jecić
dr. sc. Iva Mandušić

Znanstveno vijeće najviše je znanstveno-strukovno tijelo Zavoda, mjerodavno za stručno bavljenje leksikografsko-enciklopedičkim poslovima. Predsjednica znanstvenog vijeća je dr. sc. Tea Rogić Musa.

Ured ravnatelja povezuje i usmjerava stručne i poslovne aktivnosti u Zavodu.

Središnji odjel Zavoda je Leksikografski odjel u kojem se obavlja temeljna znanstvena i stručna djelatnost. Njega najvećim djelom čine leksikografi. Temeljni ustrojstveni oblici u obavljanju leksikografskoga rada su redakcije, koje se osnivaju po potrebi određenih projekata i prema područjima.

Grafičko-informatički odjel organizacijska je cjelina Zavoda u kojoj se obavljaju poslovi informatičke potpore stručnom i poslovnom sustavu Zavoda te informatičke i grafičke pripreme i prezentacije leksikografske građe na internetu, u knjižnom ili digitalnom obliku. Grafičko-informatički odjel sastoji se od Grafičke službe i Informatičke službe.

Opći odjel obavlja pravne, kadrovske, opće i tehničke poslove.

Financijsko-komercijalni odjel obavlja financijske i računovodstvene poslove te poslove prodaje i promidžbe izdanja Zavoda i drugih srodnih izdanja.

Leksikografski zavod Miroslav Krleža
Frankopanska 26, 10 000 Zagreb